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         circRNA服务

        circRNA服务?
        circRNA翻译相关载体构建
        来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-08-16 | 9028 次浏览 | 分享到:

        circRNA翻译验证(T系列)


        1 circRNA翻译验证载体示意图

         

        T1:  circRNA-OE (circRNA过表达载体)
        使用吉赛生物专利技术的第五代circRNA过表达载体进行构建,利用载体携带的侧翼成环框架(IR)使插入的circRNA序列准确剪切成环表达。包含细胞转染和RT-qPCR检测,保证插入的circRNA序列准确剪切成环过表达。

        T2:  circRNA-3xFlag (3xFlag标签的circRNA过表达载体)
        circRNA-OE载体的基础上,于预测ORF的终止密码子前添加3xFlag标签序列,利用载体携带的侧翼成环框架(IR)使插入的含3xFlag标签的circRNA序列准确剪切成环表达。包含细胞转染和RT-qPCR检测,保证插入的circRNA序列准确剪切成环过表达。

        T3:  circRNA-3xFlag-ATG(含3xFlag标签并删除ATGcircRNA过表达载体)
        circRNA-3xFlag载体的基础上,删除预测ORF的起始密码子ATG,利用载体携带的侧翼成环框架(IR)使插入的含3xFlag标签的circRNA序列准确剪切成环表达。

        T4:  circRNA-3xFlag-NC (3xFlag标签并删除下游IR的载体,即不能成环的阴性对照)
        circRNA-3xFlag载体的基础上,删除载体下游的成环框架(IR),使能转录生成与circRNA-3xFlag相同的RNA序列但不剪切成环。该载体可作为阴性对照使用。

        T5:  circRNA-3xFlag-**aa (预测ORF的线性表达载体,即**aa的阳性对照)
        使用与吉赛生物专利技术的第五代circRNA过表达载体相同骨架(不含成环框架)的载体进行构建,插入预测的ORF全长,使能转录生成线性化的ORF全长序列,并能正常翻译生成预测的多肽**aa。该载体可作为阳性对照使用。

         

        注:

        1. 本系列使用3xFlag标签序列,也可更换为V5HA等其他标签。

        2. 标签插入位置为ORF的终止密码子之前,即多肽**aaC端。

         

        参考文献:

        1. Pamudurti NR, Bartok O, Jens M, Ashwal-Fluss R, Stottmeister C, Ruhe L, et al.. Translation of CircRNAs. Mol Cell 2017;66:9-21.e7. doi: 10.1016/j.molcel.2017.02.021.

        2. Legnini I, Di Timoteo G, Rossi F, Morlando M, Briganti F, Sthandier O, et al.. Circ-ZNF609 is a circular RNA that can be translated and functions in myogenesis. Mol Cell 2017;66:22-37.e9. doi: 10.1016/j.molcel.2017.02.017.

        3. Zhang M, Huang N, Yang X, Luo J, Yan S, Xiao F, et al.. A novel protein encoded by the circular form of the SHPRH gene suppresses glioma tumorigenesis. Oncogene. 2018 Mar;37(13):1805-1814. doi: 10.1038/s41388-017-0019-9. Epub 2018 Jan 18.

        4. Zhang M, Zhao K, Xu X, Yang Y, Yan S, Wei P, et al.. A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma. Nat Commun. 2018 Oct 26;9(1):4475. doi: 10.1038/s41467-018-06862-2.

         

        IRES活性检测(R系列)

         

        2 IRES验证载体示意图

         

        R1:  Empty Vector (Luc2空载体)
        Luc2报告载体是基于海肾荧光素酶(Renilla Luciferase, R-Luc)和萤火虫荧光素酶(Firefly Luciferase, F-Luc)的cap-independent translation报告载体,R-Luc5’ m7G帽子结构介导翻译起始,F-Luc只在插入有IRESInternal Ribosome Entry Site)活性的序列或介导翻译起始序列时可以翻译。Luc2空载体含有多克隆酶切位点,命名为Luc2-IRES- Report

        R2:  EMCV IRES (插入EMCV IRES序列的Luc2报告载体阳性对照)
        Luc2阳性对照载体含有EMCV IRES序列,命名为Luc2-EMCV-IRES-Report

        R3:  IRES (插入预测IRES序列的Luc2报告载体)
        使用Luc2-IRES-Report载体进行构建,插入预测的IRES序列全长。

        R4:  IRES-Del1 (插入预测IRES前半部分序列的Luc2报告载体)
        使用Luc2-IRES-Report载体进行构建,插入部分预测的IRES序列(已删除后半部分)。

        R5:  IRES-Del2 (插入预测IRES后半部分序列的Luc2报告载体)
        使用Luc2-IRES-Report载体进行构建,插入部分预测的IRES序列(已删除前半部分)。

         

        参考文献:

        1. Pamudurti NR, Bartok O, Jens M, Ashwal-Fluss R, Stottmeister C, Ruhe L, et al.. Translation of CircRNAs. Mol Cell 2017;66:9-21.e7. doi: 10.1016/j.molcel.2017.02.021.

        2. Yang Y, Gao X, Zhang M, Yan S, Sun C, Xiao F, et al.. Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis. J Natl Cancer Inst. 2018 Mar 1;110(3). doi: 10.1093/jnci/djx166.

        3. Zhang M, Huang N, Yang X, Luo J, Yan S, Xiao F, et al.. A novel protein encoded by the circular form of the SHPRH gene suppresses glioma tumorigenesis. Oncogene. 2018 Mar;37(13):1805-1814. doi: 10.1038/s41388-017-0019-9. Epub 2018 Jan 18.

        4. Zhang M, Zhao K, Xu X, Yang Y, Yan S, Wei P, et al.. A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma. Nat Commun. 2018 Oct 26;9(1):4475. doi: 10.1038/s41467-018-06862-2.



        相关链接

        circRNA过表达载体系列

        GS0112-GS0113-Luc2-IRES-Report载体说明书

        seq-GS0112-GS0113

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